dcm文件的排序问题

开学后感觉一直有事情做，没工夫写博客。今天无心学习，打了一天的游戏，愧疚感支配了我，想着是时候更新一下博客了。

在前段时间（中秋假期），我一直在看MRTK的文档，想要用它来实现我看的一篇论文里的一些功能。

起初，一些都很顺利。unity的基本操作难不倒我，MRTK的奇怪组件，在不细究的前提下下也算简单易用。在运行了官方文档里提供的demo后，我信心大增，觉得是时候实干了。

这里先写一下我要实现的功能。论文的思路其实相当简单：传统的ct的slice是2D的，但是AR模型是3D的，想要将其联系起来实际上是不符合直觉的。并且，对于普通人来说，3D模型或许更加容易理解（这也是AR的优点），但对于经验丰富的医生来说，他们曾经受过的训练已经让他们习惯看这种2D的图形了。因此， 鉴于实用性考虑，论文想到了一个方法，也就是把现实中的ipad当成切板，去切虚幻的AR模型，切面(ipad屏幕)显示的就是对应位置的2D slice。这样就能既能直观地显示符合直觉的3D图像，同时又能让医生们用到他们联系多年的2D图像。

想法很美好。实现起来却很困难。因为论文中实际上并没有提到他是怎么实现的，只是提到了他所用到的一些工具包和困难。

It consists of an AR HMD (Microsoft HoloLens 2) that is coupled
with a tablet (Microsoft Surface Pro 6). To track the tablet, we em-
ployed an OptiTrack motion capturing system and attached infrared
reflecting markers to both devices. Based on this technical foun-
dation we implemented our core concepts in the Unity 3D engine,
utilizing the Mixed Reality Toolkit (MRTK). The tablet shows a
scan of a liver model, generated from a 3D texture containing the
volumetric data. The data we used in our prototype was acquired
from the open-source prototype IMHOTEP1by Michael Pfeiffer.

不过这也给了我信息。我先去下载了它提到的3D数据——一个肝脏模型，附带上了一系列dcm文件（也许是ct吧）。将其导入到unity中。看着133张ct图，我不禁陷入沉思。

一段时间的思考后，我想先实现最简单的功能，即从上到下切模型。毕竟，我看那几个dcm文件就是自上而下的横切面。

实现相对简单——我先去一个名叫作DICOMGO的网站打开了那133张dcm文件，并且按照网站上的提供的顺序，选取了包含肝脏的30多张图。记下序号。

随后，先后获取肝脏模型在Y轴上的position和切面（由于我没有平板，只能模拟代替了）的position。计算差值，根据当前模型的的高度，计算比例，再用这个比例去提取那133张dcm文件中对应的图。逻辑很简单，但实现却非常奇怪。因为我发现，实现后的ct图并不是按高度播放的。

又过了一小段时间的思考，我认识到，是之前的那个网站（DICOMGO)默默地替我将那些dcm文件按顺序排好了。而实际情况下，那133张dcm文件的命名并不是按扫描位置来排序的。

终于，到了本文的中心点，也就是对于dcm文件排序的问题。

经过一番查找，我了解到，DICOM文件会有一个tag，里面记录了各类数据。当然，大部分数据我是不了解其含义的，但是其中的一个属性：sliceLocation吸引了我的注意，凭借这个的数字大小，我想我就能用自上而下的顺序排列那些dcm文件了。

随后我就去查看fo-dicom(unity上可用的一个插件，用来加载dcm文件)的文档，想要去获取dcm文件中的tag。显然我高估了我的查文档能力，查了快一个小时，仍然写不出有用的代码。最终还是由于运气好，看到了别人的提问中附带的代码，里面恰好有提取tag内容的代码，因此复制、粘贴，获得了dcm文件的sliceLocation的信息，接下去就很简单了，将我要的文件改个名字，其他的全删掉，其余逻辑和之前一样，并最终实现了功能——仅仅是最基础的功能，即锁定y轴方向上的“切模型”。如封面图所示。

这里还有个小问题。一开始我的加载图片代码是卸载update()方法里的，这就让我的软件运行地相当卡，帧数只有十几，因此我改用定时器，每0.25s执行一次，这样就好多了。

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32

    void ShowPic(float number)
    {
        if(number < 0)
        {
            return;
        }
        int nt = (int)number;
        string n = nt.ToString();
        string folder = "Assets/DICOM/";
        string filename = folder + n + ".dcm";
        var image = new DicomImage(filename);
        Texture2D slice = image.RenderImage().AsTexture2D();
        RI.texture = slice;
        Debug.Log(filename);

}
    float getDis()
    {
        float liverBotton =  liverPosition.transform.position.y;
        float liverLong = liver.GetComponent<Renderer>().bounds.size.y;
        float planeY = plane.transform.position.y;
        if((liverBotton + liverLong) > planeY && planeY >= (liverBotton)){
            float dis = (liverBotton + liverLong) - planeY;
            float bili = dis / liverLong;
            float t = bili * 32;
            return t;
        }
        else
        {
            return -1;
        }
    }

总之，总算是跑起来了。接下去我也懒得做了。去看傅老师的unity视频学做黑魂。做游戏不是比做ar好玩多了？